Transmissão da SARS

Nature Communications volume 14, número do artigo: 4078 (2023) Citar este artigo

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O SARS-CoV-2 é um vírus zoonótico com transmissão bidirecional documentada entre pessoas e animais. A transmissão do SARS-CoV-2 de humanos para veados de cauda branca (Odocoileus virginianus) de vida livre representa um risco único para a saúde pública devido ao potencial de estabelecimento de reservatórios onde variantes podem persistir e evoluir. Coletamos 8.830 amostras respiratórias de cervos de cauda branca de vida livre em Washington, DC e 26 estados nos Estados Unidos entre novembro de 2021 e abril de 2022. Obtivemos 391 sequências e identificamos 34 linhagens Pango, incluindo Alpha, Gamma, Delta e Omicron variantes. Análises evolutivas mostraram que esses vírus de cervos de cauda branca se originaram de pelo menos 109 repercussões independentes de humanos, o que resultou em 39 casos de transmissão local subsequente de cervo para cervo e três casos de potencial repercussão de cervos de cauda branca de volta para humanos. Os vírus adaptaram-se repetidamente aos cervos de cauda branca com substituições recorrentes de aminoácidos em espigas e outras proteínas. No geral, nossas descobertas sugerem que múltiplas linhagens de SARS-CoV-2 foram introduzidas, tornaram-se enzoóticas e co-circularam em cervos de cauda branca.

O coronavírus-2 da síndrome da doença respiratória aguda grave (SARS-CoV-2) é um vírus zoonótico1 semelhante a outros coronavírus de alta consequência, incluindo o coronavírus da síndrome respiratória aguda grave e o coronavírus da síndrome respiratória do Oriente Médio2. Desde o seu surgimento em 2019, o SARS-CoV-2 evoluiu rapidamente e produziu inúmeras variantes genéticas do SARS-CoV-2, incluindo Variantes de Preocupação (VOCs) Alfa, Beta, Gama, Delta e Omicron3. Além dos humanos, as infecções por SARS-CoV-2 foram documentadas numa ampla gama de animais selvagens, domésticos e exóticos em cativeiro, tais como veados4, martas5,6,7, ratos8, lontras, furões, hamsters, gorilas, gatos , cães, leões e tigres9. Além disso, a transmissão de SARS-CoV-2 de animais para humanos, embora não seja comum, foi documentada ou suspeitada em visons de criação (Neogale vison)5, 6, gatos domésticos (Felis catus)10 e veados de cauda branca (Odocoileus virginianus) 11, destacando os animais como potenciais reservatórios de infecções zoonóticas secundárias. Um reservatório animal para SARS-CoV-2 refere-se a um hospedeiro no qual o vírus circula secretamente, persistindo na população e pode ser transmitido a outros animais ou humanos, potencialmente causando surtos de doenças.

Os cervos de cauda branca são comuns em áreas urbanas e rurais na América do Norte, com uma população estimada de 30 milhões distribuída pelos Estados Unidos (EUA). Damas et al. (2020) mostraram um alto grau de identidade de sequência entre proteínas da enzima conversora de angiotensina 2 (ACE2) humanas e de cervos de cauda branca12, e estudos experimentais de infecção demonstraram que o vírus SARS-CoV-2 semelhante à (cepa Wuhan-Hu-1) pode infectam prontamente cervos de cauda branca e levam a altas cargas de disseminação viral e disseminação para co-específicos ingênuos13,14,15. Chandler et al. estimou que 40% dos cervos de cauda branca testados foram expostos ao SARS-CoV-2, a partir de janeiro de 2020 em quatro estados dos EUA16. Posteriormente, infecções ativas por SARS-CoV-2, conforme evidenciado pela detecção da reação em cadeia da polimerase com transcrição reversa (RT-PCR), foram relatadas em cervos de cauda branca nos EUA (ou seja, Ohio4, Iowa17, Pensilvânia18, Nova York19) e em Ontário , Canadá11. Os vírus relatados até o momento em cervos de cauda branca são geneticamente diversos, incluindo linhagens Pango20 B.1.2 e B.1.311 em Iowa (período de amostragem, abril de 2020 a janeiro de 2021)17, B.1.2, B.1.582, B.1.596 em Ohio (janeiro a março de 2021)4, B.1.1.7 (Alfa), AY.88 (Delta), AY.5 (Delta) e AY.103 (Delta) na Pensilvânia (janeiro a novembro de 2021)18, B .1, B.1.1, B.1.2, B.1.243, B.1.409, B.1.507, B.1.517, B.1.1.7 (Alfa), B.1.1.28 (Gama), P.1 (Gama ), e B.1.617.2 (Delta) em Nova York (setembro de 2020 a dezembro de 2021)19, e B.1.641 (dezembro de 2021) em Ontário (novembro a dezembro de 2021)11. Curiosamente, a maioria destes vírus de veados de cauda branca estavam geneticamente relacionados com aqueles que circulavam simultaneamente em humanos. A identificação de vírus geneticamente altamente semelhantes em vários animais capturados em dois dias diferentes no mesmo local ou em locais próximos sugeriu que o SARS-CoV-2 foi provavelmente transmitido em populações de veados de cauda branca4, 19. Evidências epidemiológicas para a possível transmissão de SARS-CoV- 2 de cervos de cauda branca para pessoas no Canadá foram relatados11.

50% (Supplementary Data 1). Overall, 282 samples had high sequencing coverage (i.e., >95% of the reference genome) and were selected for further evolutionary analyses./p>

95% of the reference genome (n = 282), an IRMA score of 95%, were selected for further evolutionary analyses./p>0.7, as well as geographically nearby counties. Different statistical support levels were defined as follows: 3 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 10 indicates support; 10 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 100 indicates strong support; 100 \(\le\) Bayes factor \(\le\) 1000 indicates very strong support; and Bayes factor \(\ge\) 1000 indicates decisive support./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. The timescale of the phylogenetic tree was represented in units of years, and the scale bar indicates the divergence time in years./p>

0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor sequence and the white-tailed deer SARS-CoV sequence was ≥99.85%./p> 0.7 for the human-deer branch; and 4) the nucleotide sequence identities between the human precursor SARS-CoV sequence and at least one of the white-tailed deer SARS-CoV sequences ≥99.85%./p> 0.7 for both human1-the deer branch and the deer-human2 subbranch; 4) the nucleotide sequence identity between human1 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2, and that between human2 and at least one of white-tailed deer SARS-CoV-2 was ≥99.85%./p>0.9 to be significant, indicating either positive selection (prob(α < β)) or negative selection (prob(α > β))61./p>99% coverage) and were included in the evolutionary analyses along with the white-tailed deer SARS-CoV-2 samples collected in this study. All these publicly available sequences and associated metadata used in this dataset are published in GISAID’s EpiCoV database and NCBI SARS-CoV-2 Resources./p>

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